MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. ST4/74 plasmid TY474p3

Total Repeats: 186

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016859	TTTC	2	8	44	51	0 %	75 %	0 %	25 %	386730538
2	NC_016859	GCC	2	6	55	60	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730538
3	NC_016859	GT	3	6	96	101	0 %	50 %	50 %	0 %	386730538
4	NC_016859	GCG	3	9	124	132	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730538
5	NC_016859	GC	4	8	188	195	0 %	0 %	50 %	50 %	386730538
6	NC_016859	ACAG	2	8	214	221	50 %	0 %	25 %	25 %	386730538
7	NC_016859	AGC	2	6	291	296	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730538
8	NC_016859	A	6	6	303	308	100 %	0 %	0 %	0 %	386730538
9	NC_016859	GC	3	6	372	377	0 %	0 %	50 %	50 %	386730538
10	NC_016859	CGC	2	6	387	392	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730538
11	NC_016859	ATG	2	6	403	408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730538
12	NC_016859	CTGC	2	8	434	441	0 %	25 %	25 %	50 %	386730538
13	NC_016859	ACG	2	6	463	468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730538
14	NC_016859	GAT	2	6	478	483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730538
15	NC_016859	CAC	2	6	545	550	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730538
16	NC_016859	CGAG	2	8	590	597	25 %	0 %	50 %	25 %	386730538
17	NC_016859	CG	3	6	643	648	0 %	0 %	50 %	50 %	386730538
18	NC_016859	GCG	2	6	673	678	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730538
19	NC_016859	ATG	2	6	823	828	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730538
20	NC_016859	TAA	4	12	854	865	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016859	AGA	2	6	954	959	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016859	G	8	8	1142	1149	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016859	GCC	2	6	1157	1162	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730539
24	NC_016859	CGC	2	6	1189	1194	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730539
25	NC_016859	CCAGC	2	10	1210	1219	20 %	0 %	20 %	60 %	386730539
26	NC_016859	GGC	2	6	1254	1259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730539
27	NC_016859	CA	3	6	1356	1361	50 %	0 %	0 %	50 %	386730539
28	NC_016859	GCA	2	6	1371	1376	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730539
29	NC_016859	GGCG	2	8	1377	1384	0 %	0 %	75 %	25 %	386730539
30	NC_016859	GCC	2	6	1435	1440	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730539
31	NC_016859	TCG	2	6	1499	1504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730539
32	NC_016859	CAG	2	6	1519	1524	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730539
33	NC_016859	GAT	2	6	1558	1563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730539
34	NC_016859	CAC	2	6	1614	1619	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730539
35	NC_016859	ACC	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730539
36	NC_016859	CCA	2	6	1788	1793	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730539
37	NC_016859	ATC	2	6	1813	1818	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730539
38	NC_016859	ACGTC	2	10	1875	1884	20 %	20 %	20 %	40 %	386730539
39	NC_016859	TGC	2	6	1890	1895	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730539
40	NC_016859	CAC	2	6	1996	2001	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730539
41	NC_016859	CGG	2	6	2038	2043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730539
42	NC_016859	CCG	2	6	2055	2060	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730539
43	NC_016859	GCC	2	6	2065	2070	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730539
44	NC_016859	ACC	2	6	2074	2079	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730539
45	NC_016859	GAA	2	6	2129	2134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730540
46	NC_016859	GTC	3	9	2144	2152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730540
47	NC_016859	CCTCGG	2	12	2164	2175	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386730540
48	NC_016859	CTG	3	9	2246	2254	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730540
49	NC_016859	CAT	2	6	2267	2272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730540
50	NC_016859	CGG	2	6	2323	2328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730540
51	NC_016859	TTC	2	6	2378	2383	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730540
52	NC_016859	GGC	3	9	2422	2430	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730540
53	NC_016859	CGG	2	6	2434	2439	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730540
54	NC_016859	ATG	2	6	2472	2477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730540
55	NC_016859	CAG	2	6	2507	2512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730540
56	NC_016859	TGA	2	6	2574	2579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730540
57	NC_016859	CGG	2	6	2599	2604	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730540
58	NC_016859	CAG	2	6	2645	2650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730540
59	NC_016859	CAC	2	6	2707	2712	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730540
60	NC_016859	CCA	2	6	2743	2748	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730540
61	NC_016859	GGC	2	6	2775	2780	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730540
62	NC_016859	GCT	2	6	2781	2786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730540
63	NC_016859	ATTG	2	8	2826	2833	25 %	50 %	25 %	0 %	386730540
64	NC_016859	CCT	2	6	2834	2839	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_016859	GCAG	2	8	2842	2849	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_016859	TGG	2	6	2851	2856	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016859	TTC	2	6	2902	2907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730541
68	NC_016859	TCG	3	9	2933	2941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730541
69	NC_016859	CAG	2	6	3025	3030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730541
70	NC_016859	ACAAGG	2	12	3112	3123	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386730542
71	NC_016859	GACC	2	8	3245	3252	25 %	0 %	25 %	50 %	386730542
72	NC_016859	T	6	6	3262	3267	0 %	100 %	0 %	0 %	386730542
73	NC_016859	GCCC	2	8	3355	3362	0 %	0 %	25 %	75 %	386730543
74	NC_016859	GGTGCC	2	12	3384	3395	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386730543
75	NC_016859	GCTGG	2	10	3501	3510	0 %	20 %	60 %	20 %	386730543
76	NC_016859	GCG	2	6	3570	3575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730543
77	NC_016859	TCA	2	6	3597	3602	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730543
78	NC_016859	GGC	2	6	3664	3669	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730543
79	NC_016859	CTG	2	6	3719	3724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730543
80	NC_016859	CTG	2	6	3743	3748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730543
81	NC_016859	CTG	2	6	3755	3760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730543
82	NC_016859	GCA	3	9	3805	3813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730543
83	NC_016859	GTG	2	6	3837	3842	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730543
84	NC_016859	GGC	2	6	3886	3891	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730543
85	NC_016859	CGT	2	6	3913	3918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730543
86	NC_016859	GCG	2	6	3966	3971	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730543
87	NC_016859	TTC	2	6	3999	4004	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730543
88	NC_016859	GTC	2	6	4076	4081	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730543
89	NC_016859	CACCAG	2	12	4082	4093	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386730543
90	NC_016859	CGG	2	6	4111	4116	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730543
91	NC_016859	CGG	2	6	4183	4188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730543
92	NC_016859	TCA	2	6	4204	4209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730543
93	NC_016859	GGT	2	6	4217	4222	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730543
94	NC_016859	TTC	2	6	4302	4307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730544
95	NC_016859	CCA	2	6	4314	4319	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730544
96	NC_016859	GAGCAA	2	12	4366	4377	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386730544
97	NC_016859	CAG	2	6	4387	4392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730544
98	NC_016859	CAC	2	6	4393	4398	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386730544
99	NC_016859	CAT	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730544
100	NC_016859	GCG	2	6	4478	4483	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730544
101	NC_016859	CGG	2	6	4494	4499	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730544
102	NC_016859	GCC	2	6	4535	4540	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730544
103	NC_016859	CCG	2	6	4569	4574	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730544
104	NC_016859	CTG	2	6	4591	4596	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730544
105	NC_016859	TCG	2	6	4622	4627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386730544
106	NC_016859	TTC	2	6	4694	4699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386730544
107	NC_016859	GAT	2	6	4751	4756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016859	CGGT	2	8	4797	4804	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_016859	CCA	2	6	4828	4833	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_016859	CGT	2	6	4906	4911	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_016859	TCT	2	6	4999	5004	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_016859	GCG	2	6	5055	5060	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_016859	ATC	2	6	5094	5099	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_016859	CGC	2	6	5119	5124	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_016859	ATGG	2	8	5132	5139	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016859	CTG	2	6	5204	5209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_016859	CCT	2	6	5245	5250	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_016859	GCC	2	6	5257	5262	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_016859	GCA	2	6	5286	5291	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_016859	AGT	2	6	5296	5301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016859	CGG	2	6	5302	5307	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_016859	CGA	2	6	5314	5319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_016859	GCC	2	6	5420	5425	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_016859	CTG	2	6	5430	5435	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016859	TGC	2	6	5467	5472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_016859	TTGCTT	2	12	5480	5491	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_016859	GCC	2	6	5607	5612	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_016859	CAA	2	6	5680	5685	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386730545
129	NC_016859	GGC	2	6	5686	5691	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730545
130	NC_016859	GAA	2	6	5711	5716	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386730545
131	NC_016859	CAG	2	6	5765	5770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730545
132	NC_016859	TGG	2	6	5805	5810	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386730545
133	NC_016859	CAG	2	6	5836	5841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386730545
134	NC_016859	GGA	2	6	5851	5856	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386730545
135	NC_016859	GGC	2	6	5866	5871	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730545
136	NC_016859	GCC	2	6	5920	5925	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386730545
137	NC_016859	GT	3	6	6119	6124	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016859	GCA	2	6	6183	6188	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_016859	ATT	2	6	6225	6230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016859	ATGG	2	8	6242	6249	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016859	CTG	2	6	6280	6285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_016859	G	6	6	6342	6347	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016859	CTGG	2	8	6399	6406	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_016859	GGCA	2	8	6421	6428	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
145	NC_016859	TGTA	2	8	6470	6477	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016859	GGC	2	6	6515	6520	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730546
147	NC_016859	CGGGAT	2	12	6534	6545	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386730546
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149	NC_016859	GCGG	2	8	6694	6701	0 %	0 %	75 %	25 %	386730546
150	NC_016859	GCG	2	6	6803	6808	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386730546
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158	NC_016859	CCAG	2	8	7293	7300	25 %	0 %	25 %	50 %	386730547
159	NC_016859	ATG	2	6	7316	7321	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386730547
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166	NC_016859	CTCCC	2	10	7653	7662	0 %	20 %	0 %	80 %	386730547
167	NC_016859	TCA	2	6	7697	7702	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386730547
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171	NC_016859	GC	3	6	7945	7950	0 %	0 %	50 %	50 %	386730548
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179	NC_016859	CAGA	2	8	8372	8379	50 %	0 %	25 %	25 %	386730548
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181	NC_016859	TCC	2	6	8434	8439	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386730548
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185	NC_016859	A	8	8	8631	8638	100 %	0 %	0 %	0 %	386730548
186	NC_016859	TGA	2	6	8675	8680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.